而此时，冯玉祥则已经击溃吴佩孚，独控北京。
冯玉祥于10月23日下令逮捕原财政部长王克敏和总统府收支处长李彦青等贪官污吏。
王克敏闻讯逃入租界，李彦青拒绝交出赃款，遂被枪决，对此人们拍手称快。
随后，冯玉祥又将大贪污犯曹锟之弟曹锐押解到案，令曹锐交出赃款，曹锐畏罪吞服鸦片自杀。
冯玉祥又接受张绍曾的建议，成立以黄郛为首的摄政内阁。
总统和总理的职权，由黄郛一人兼任，黄还兼任交通、教育两部部长
王正廷兼任外交、败政两部部长
王永江为内务部长
李书城为陆军部长
张耀曾为司法部长
杜锡圭为海军部长
王乃斌为农商部长。
黄郛、王正廷都是冯玉祥回师举行政变的内幕人物，因此，这个内阁是以冯系为核心，也表明冯玉祥野心膨胀，只想革命政府为其服务的企图。
王承斌到公府劝曹锟辞职，曹即向国会提出辞职咨文，并令内阁摄行总统职权。曹锟看到前来逼他下野的人，就是一年前劫车夺印捧他上台的王承斌，不由得百感交集，十分难受。
吴佩孚一直被蒙在鼓励，接到冯玉祥的10月23日通电，虽然大吃一惊，但又疑心是张作霖捏造出来的假电报。
现在查明属实后，又怀疑胡景翼未必加入冯军，即命胡为第三军总司令以代冯，叫张敬尧去胡景翼部传达命令。胡景翼把这个倒霉使者扣留起来。
一切真相大白，吴佩孚又有点患得患失，不忍心放弃在前线的大好局面，心慌意乱地把前方作战的任务交给张福来主持，自己率领精兵七八千人回救北京。吴佩孚急电南方直系将领率兵北援，但现在南方直系部队已经自身难保，怎能救援。
吴佩孚的日本顾问冈野曾经这样回忆，吴佩孚对他的幕僚说：
“这件事也可以说是在我意料之中，因为这次出兵前老冯曾向我要求，待平定奉系后，派他为东三省巡阅使以继张作霖之缺，我告诉他：东北和日本有特殊关系，我们对日外交很微妙，所以东三省巡阅使的任命，不能漠视日本的动向。你一向被认为亲美派，最招日人之忌，因此去东北很不相宜，不过对酬答足下的战功，国家有的是名位，我一定会考虑其他职务的，而且必令你满意。我这番话也是腑肺之言，可能冯因未达目的，遂暗通敌人。其实他向我索军费，我已发十万，后来又增至十五万元，他才勉强奉命，率部开赴古北口。很多人向我建议，免除冯的第三路军司令以除后患，总统居中替冯说情，免冯计划遂没有进行。当冯到古北口前线，又借口敌人优势，要求增拨步枪弹百万发，我对冯更不放心，所以不发给他。近数日我在总部中，晚晚不能入睡，辗转反侧，右转则思及处置张作霖之法，左转则念及冯玉祥之可能背叛，现在不幸而料中，想到当日拨冯战费十五万元，实在太划不来了。”
到10月28日，由平泉、冷口入关的奉军张宗昌部，攻占滦州，截断了榆关直军的退路和榆关、天津之间的交通线，直军纷纷溃退。31日，张宗昌宣称山东人不打山东人，吴军主力投降张宗昌诸多，缴获直军的枪支达3万余件。直军主力丧失殆尽。
冯玉祥、胡景翼的军队已开到廊坊，准备进攻天津。
张绍曾为避免战祸，出面调停，劝吴佩孚接受“和平救国大纲”。
吴佩孚的态度仍然十分倔强，不肯罢休。双方军队在杨村一带开战。此时阴雨连绵，杨村一带除铁路两旁及永定河堤等高地外，尽是一片汪洋，作战十分艰难。开战后，双方相持一天，不分胜负。
冯玉祥派刘郁芬、蒋鸿遇两旅，迂回到吴军后方，从吴军背后进攻，又派李鸣钟由丰台抽调部队，协助正面进攻。张之江、石友三、谷良友部，协助李云龙旅，一致向吴军摆出攻势。
11月2号，冯部生俘了吴部的旅长潘鸿钧以下数千人并乘胜进击。
11月3日上午，冯军占领了津浦铁路沿线的天津附近的北仓，随后占领天津。
国民革命军攻占天津后，吴佩孚仍作困兽之斗，把司令部移驻军粮城，可以说四面楚歌，只有兵败投降了。
在此时，如果胡景翼军向前推进，和奉军两头一挤，吴佩孚即无处可逃。
但北洋大佬张绍增救了吴佩孚一命，张绍增劝冯玉祥、胡景翼给吴佩孚放一条生路。
到此时，吴佩孚也明白大局抵定，大哭一场，在英国军舰掩护下，由大沽乘海军运输舰南逃上海。
但在逃离路上，吴佩孚连连发电指责冯玉祥：……与足下袍泽数年，以心相印，今被暗算夫复何言!昔乐毅云：“君子绝交，不出恶声；忠臣去国，不洁其名。”佩为亡人，亦曾受教于君子，惟不明心迹，是以不免耿耿耳。吴佩孚泣启十一月十七日。
吴佩孚这一最有可能统一中国的最强者，就这样举行陨落，吴佩孚留下的烂摊子，需要众人收拾。
11月4日，人在香山的孙文发表著名的北上宣言，宣称此次北上，是为了实现南北和解，在胡汉民、谢持、汪精卫陪同下，北上。
冯玉祥一贯痛恨封建帝制，********后，决心以全力，行其素志，把溥仪逐出宫去。11月5日，摄政内阁作出修正优待清室条件，永远废除皇帝专号，将故宫一律开放，备充国立图书馆、博物馆之用。冯玉祥当天就令北京警备总司令鹿钟麟和警察总监张璧执行，将宫内太监470余人、宫女百余人分别给资遣散，又用汽车5辆，送溥仪及清室“后妃”移居什刹海“醇王府”。